出口加工区的货物通关可简单地概括为一句话，即“一线免证保（免）税，二线应证应税，区内流转自由”。其中，“一线”指出口加工区与境外之间，“二线”指出口加工区与境内区外之间，“区内流转”指同一海关监管特殊区域内的不同企业之间。

（一）境外货物进区

境外货物进区，以下简称一线进境。

1、一线进境操作流程图（如图1）
 
图1

2、一线进境货物保税，实行备案制

海关对出口加工区与境外之间进出的货物实行备案制管理，对从境外进入出口加工区的货物予以保税，但减免税货物、征税货物（区内自用的交通运输工具、生活消费用品等）除外。实行备案制管理的，货物的收发货人或者代理人应当如实填写进出境货物备案清单，向海关备案。

3、一线进境货物免证

出口加工区与境外之间进出的货物，不实行进出口配额、许可证件管理，但法律、行政法规和规章另有规定的除外。

4、一线进境货物的监管方式

自2010年4月1日起，企业按照《海关特殊监管区域进出口货物报关单、进出境货物备案清单填制规范》填制相应单证。

（二）国内货物进区

国内货物进区，以下简称二线进区。

1、二线进区操作流程图（如图2）

图2

（1）二线进区货物实行“双报关”，即区内企业申报进境备案清单，区外企业同时申报出口报关单；

（2）二线货物应当在出口加工区主管海关办理海关手续；

（3）海关监管货物从出口加工区与区外之间进出的，海关可以要求提供相应的担保。

2、二线进区货物视同出口，应证应税（出口关税）退税（增值税）

3、二线进区货物的监管方式

自2010年4月1日起，企业按照《海关特殊监管区域进出口货物报关单、进出境货物备案清单填制规范》填制相应单证。

4、经海关核准，区内企业的二线进区货物可以办理集中申报手续

（三）区内货物出境

区内货物出境，以下简称一线出境。

1、一线出境操作流程图（如图3）

图3

（1）一线出境保税货物，区内企业申报出境备案清单；

（2）一线出境减免税货物、征税货物申报出口报关单；

（3）一线出境货物应当在出口加工区主管海关办理海关手续。

2、一线出境货物免征出口关税，实行备案制

3、一线出境货物免证

4、一线出境货物的监管方式

自2010年4月1日起，企业按照《海关特殊监管区域进出口货物报关单、进出境货物备案清单填制规范》填制相应单证。

（四）区内货物出区

区内货物出区，以下简称二线出区。

1、出口加工区货物出区深加工结转

出口加工区区内货物以保税结转形式出区的，称为“出口加工区货物出区深加工结转”，分为结转到其他海关特殊区域和结转到区外加工贸易企业两种：

（1）出口加工区货物出区深加工结转（结转到其他海关特殊区域）操作流程图，如图4。 
 
图4

（2）出口加工区货物出区深加工结转（结转到区外加工贸易企业）操作流程图，如图5。 
 
图5

2、其他二线出区

其他二线出区是指出口加工区区内货物以非保税结转形式出区的。

（1）二线出区操作流程图，如图6。

图6

（2）二线出区货物视同进口，应证应税。

出口加工区与区外之间进出的货物，区内企业或者区外收发货人按照进出口货物的有关规定向保税港区主管海关办理申报手续。需要征税的，区内企业或者区外收发货人按照货物进出区时的实际状态缴纳税款。

二线出区货物属于配额、许可证件管理商品的，区内企业或者区外收货人还应当向海关出具配额、许可证件。对于同一配额、许可证件项下的货物，海关在进境环节已经验核配额、许可证件的，在出区环节不再要求企业出具配额、许可证件原件。

区内边角料、废品及加工生产、储存、运输等过程中产生的包装物料，按出区时的实际状态征税。属于进口配额、许可证件管理商品的，免领进口配额、许可证件；属于列入《禁止进口废物目录》的废物以及其他危险废物需出区进行处置的，有关企业凭出口加工区行政管理机构以及所在地的市级环保部门批件等材料，向海关办理出区手续。

3、二线出区货物的监管方式

自2010年4月1日起，企业按照《海关特殊监管区域进出口货物报关单、进出境货物备案清单填制规范》填制相应单证。

4、经海关核准，区内企业的二线出区货物可以办理集中申报手续。

（五）货物区内流转

货物区内流转，以下简称区内流转。

出口加工区内货物可以自由流转。区内企业转让、转移货物的，双方企业应当及时向海关报送转让、转移货物的品名、数量、金额等电子数据信息。